Vùng đất thuộc xã Giao Thiện ngày nay, thời Nguyễn thuộc đất mường Giao Lão và một làng của mường Nang, tổng Thiên Thổ, châu Lang Chánh.

Năm 1981, xã Giao Thiện được thành lập trên cơ sở một phần diện tích và dân số của xã Giao An.

Hiện nay, xã Giao Thiện gồm các làng: Khụ I, Khụ II, Khụ III, Poọng, Lẹn, Húng, Bí Nghịu, Lằn Sổ, Tượt.